BrainyCP

1. Нам это дальнейшие обновления не поломает?

Нет.

2. Там в файле с servers_php если что управляющие символы в конце строк типа ^М

Данных символов, там не должно быть. Удалите его.

Убрал, в файле phps они кстати тоже были.
Такое впечатление что шаблоны файлов готовили в виндовых редакторах что навставляли такие переносы строки.

Тоже не было 8.1 на двух серверах. Ручная правка файлов помогла