BrainyCP

В корневом каталоге сайта есть папка .well-known - владелец установлен самим пользователем веб-сайта (созданный в brainycp)
внутри папки лежать txt файлы верификации. Когда открываю ссылку. http://сайт/.well-known/test.txt выводит 404-ую ошибку
Менял разные права не помогло.

Может кто нибудь сталкивался с такой проблемой?

Сталкивался помогает перезагрузка nginx. Ето связано с тем что при добавлении нового домена выполняется команда "nginx reload". А она криво подтягивает конфиги нового виртуального хоста.

P.S. Правильно будет http://сайт/.well-known/acme-challenge/test.txt