BrainyCP

Доброго часу дня!
мав таку ж проблему.
Спершу очистив кеш як рекомендував @sbury але не допомгло.

УВАГА!!! АХТУНГ!!! все що ВИ робите ви робите на власний ризик!

Вирішив настуним чином:
в директорії /etc/brainy/ відшукав усі входження глючного домена grep -r назва_домена /etc/brainy/
відредагував файли видаливши усі згадки про домен, видалив конфіги nginx/apache з /etc/nginx/sites-available/ і т.д. де знайшовся.

Хост зник зі списку і успішно додався повторно.