Конфигурация сайта и бэкап

[Zerooo]

Подскажите как правильно сконфигурировать сайт:

Для сайта прописана директория на подпапку web, в которой находится стартовый php-скрипт фреймворка.
Сам фреймворк находится выше.
Brainy формирует nginx-конфигу для сайта из темплейта где root-директива указывает на эту самую директорию (web).
Все работает замечательно, но в бэкап сохраняется только подпапка web.

Если же в качестве директории указать папку, которую я хочу видеть в бэкапе, то естественно не работает сайт.
В индивидуальной донастройке виртхостов указание директивы root вызывает ошибку nginx.

Каким образом лучше всё это дело согласовать?

Может система бэкапов должна сохранять все подпапки начиная с домашней?
Или при конфигурировании бэкапа указывать корневую папку?