BrainyCP

Насчет вкладки тормознул - она есть на скрине.
Да , там установлена галочка.

Покажите вывод по команде:
cat /var/spool/cron/root

*/1 * * * * /usr/local/brainycp//src/compiled/php5/bin/php -q /usr/local/brainycp//scripts/cron_exec.php >/dev/null 2>/dev/null

покажите лог летсенскрипт, и какая версия панели?

у меня:
Текущая версия: 1.0927.20210708

в логах не нашел, чтобы ПУ пыталась получить новый сертификат для того сайта, у которого сегодня сертификат оказался просрочен.
Там только логи того, как я вручную получал сертификаты

> покажите лог летсенскрипт,
Как это сделать? Дело в том, что логов там около 14 файлов, и некоторые из них по несколько страниц.

В августе делал сертификаты, в сентябре
и сегодня был вынужден сделать из-за того, что не сработало автоматическое переиздание сертификатов.

Автопродление работает в день окончания срока действия, или заранее? За сколько дней?

За 5 дней до окончания действия сертификата,