BrainyCP

Логирование сайтов включено, но в логах файлов нет ни одной записи, хотя ошибки были. Подскажите, как исправить эту проблему?

А где вы смотрите логи? Если в logs в каталоге пользователя, то там не в реальном времени. Посмотрите в /etc/nginx/vhost_logs/

Да, я именно там и смотрел, полностью пустой лог ошибок
Логи доступа есть, а логи ошибок отсутствуют

В конфиге домена точно есть и access_log и error_log ? И точно ли "были ошибки" на уровне nginx? Может быть падали в логи индейца или php-fpm...

Индеец точно нет, а вот php-fpm возможно, спасибо