BrainyCP

понятно.
uname -a

покажите
virt-what

покажите

cat /etc/logrotate.d/httpd
cat /etc/logrotate.d/nginx
cat /etc/logrotate.d/nginxb

Вообще-то панель не занимается управлением правами к этому файлу. Это задача systemd . Его сервис отвечает за запуск этого скрипта при старте системы, и так же он и следит за его остальными значениями.

Я какая у вас вирткализация?

попробуйте перебить пароль рута командой

passwd

проверили на двух разных типах виртуалок openvz и kvm , не обнаружили проблем. Попробуйте в менеджере приложений переставить certbot.

покажите еще вывод двух команд

rpm -qa | grep python2
rpm -qa | grep python3

добавлена поддержка TLS1.3 для nginx rev1.6 yum clean all yum install openssl jailkit shadow-utils переустановить nginx с панели идем в /etc/brainy/conf/vhosts/vhosts.tpl меняем как показано в патче --- a/vhosts.tpl 2019-07-17 09:23:27.232815774 -0400 +++ b/vhosts.tpl 2019-07-17 09:25:07.075063718 ...

если вы добовляли дополнительные IP то надо включить чеку

Автоматическая загрузка дополнительных интерфейсов и адресов, включая NAT интерфейс

в /index.php?do=ipmanager

в этом логе

/var/log/letsencrypt/letsencrypt.log

найдите ваш домен в нем

попробуйте

systemctl stop spf

и покажите вывод
systemctl status nginxb -l
systemctl status brainyphp-fpm -l