BrainyCP

Я не слышала о данных ограничениях, ссылочку можно?

В панели нет данной функции, вы можете поставить на хостаккаунт один сайт.

Сертификат выдается на *.mysite.com

Уточните в бекапе по ftp, есть директории /etc, /lib64, /bin (в корне)?

Какая у вас версия панели?
У вас файлы панели за 21 год.

В новых версиях панели, данное правило в /etc/crontab, и файл есть.

Покажите вывод по команде:
cat /etc/crontab

Проверяем.

Исправили, будет доступно в следующем обновлении.
Удалите файл, /var/brainycp/data/install/history.log и повторно зайдите на страницу с обновлениями. Инфа вся обновится.

Отправьте пожалуйста настройки бекапирования в личку, чтобы мы могли повторить ваш случай.