BrainyCP

Восстановили работу демо.

Мы проверим.

Да, root
Лучше одно задание, которое отвечает за все процессы, чем целая простыня крон заданий.
Все что выполняется, находится в данном конфиге: /etc/brainy/cron_exec_config

/usr/local/brainycp//src/compiled/php5/bin/php -q /usr/local/brainycp//scripts/cron_exec.php >/dev/null 2>/dev/null

Каждую минуту.

Задания в cron не должны появляться, У вас должно быть одно служебное cron задание, и работать каждую минуту.

Таймауты поднимите в конфигах,

Свяжитесь с нами через скайп, мы проверим что не так.

Мы проверим на данной версии ос.

Напишите нам в скайп, нам нужны будут доступы.

Уточните у поддержки вашей cms, панель не редактирует пользовательские сайты и скрипты, а также ничего не удаляет.