BrainyCP

сертификаты не могут быть выданы если сайт не виден из вне или установлена переадресация.

покажите еще вывод этих команд

У вас какая связка сейчас стоит в панели? И на каком Web сервере он работал раньше?

смотрите права на файлы сайта, они должны пренадлежать вашему пользователю.

попробуйте добавить в конфиг сайта

Options Indexes FollowSymLinks
AllowOverride All
Require all granted

после чего перезапустите сервис.
покажите выводы команд

rpm -qa | grep httpd
uname -r
df
selinux
htop - этой покажите скрин
пользователь в окружении Jail?

этот пост не имеет отношение к Centos 7. Свяжитесь с нами в чате.

покажите вывод
rpm -qf /usr/lib64/liblz4.so.1
ls -l /etc/yum.repos.d

вы можете дать даступ по ссш в личку?

А можете уточнить. Что значит сбросили машину и накатили brainycp?

8 работает и поддерживается как и 7.

команды рабочие. Кинул в ответы в личку. Давайте пообщаемся там