BrainyCP

Как вообще сделать так, чтобы при обновлении не обновлялись конфиги nginx?

Ответ был дан выше.
По ссылке :8002/index.php?do=setting_virthost, или в шаблоне /etc/brainy/vhosts/vhosts.tpl

Все аккаунты бэкапятся на один ФТП сервер с одним и тем же логином и паролем. Бэкапы в одних аккаунтах завершаются успешно, в других перестали работать. Вы делаете бекап сразу для всех пользователей? Корректно работают только те бэкапы, которые принадлежат пользователю root. Те бэкапы, задания для ...

Если стоит csf, он может переписывать правила. Попробуйте его удалить.

zen.spamhaus.org
bl.spamcop.net
pbl.spamhaus.org
cbl.abuseat.org
b.barracudacentral.org

Для почты используйте:
zen.spamhaus.org
bl.spamcop.net

Капец, у вас подключены сторонние репозитарии (epel), возможно и пакеты из этих репо.
Пакеты brainycp, конфликтуют с пакетами epel. Удалите сам репозитарий epel, и пакеты которые установились по зависимостям.
После этого переустановите exim

Уберите clamav и spamassasin, у вас на это нет ресурсов.

ls -al /etc/yum.repos.d/
rpm -qa | grep exim

Судя по логам памяти Mar 24 03:32:22 magicwd kernel: Out of memory (oom_kill_allocating_task): Killed process 69584 (clamd) total-vm:2691524kB, anon-rss:1951772kB, file-rss:0kB, shmem-rss:0kB, U ID:93 pgtables:4888kB oom_score_adj:0 Из за нехватки оперативной памяти у вас прибился процесс clamd(он с...

cat /var/log/messages | grep memory
Еще вы не показали логи

Какая версия панели?
free -h
df -h
Покажите лог установки.