BrainyCP

systemctl status mysqld

У вас база данных не работает, это в сообщении и значек красный горит(что проблема с mysqld).
Пока вы не запустите базу данных, пользователя не сможете создать.

А запись чего? хостнейма?

Да, внешний ip/
В логе нет проверок доступа по ip, который прописан как запись А

Скажите пожалуйста, где вы нашли рабочие файлы? У меня замена файлов на файлы из другой панели не помогла. Доступ в панель вернулся после удаления из /usr/local/brainycp/classes/includes/backup/backupFtp.php собственнно backupFtp.php Больше там ничего и не было. Возможно это неправильно и надо как-...

Это не полный лог.

т.е хостнейм должен указывать на один из присутствующих сайтов в панеле?

Не обязательно, главное чтобы запись А должна быть направлена на ваш сервер, и сервер отдавал контент который запросит сервис летсенскрипт.

В данный момент, включено проскированние. Серт летсен не генерируется с включенным проксированием.
Покажите весь лог /var/log/letsencrypt/

Вы не пишите ваш домен, чтобы проверить

Если letcenscript сервис не увидит отданный контент, генерация не возможна.

Cертификат не может быть сгенерирован при блокировке по geoip

К сожалению по данному списку ничего подсказать не могу.