BrainyCP

следующая команда минут 5 выполялась: [root@1640012552070 ~]# yum list installed | grep mysql brainy-php5-mysql.x86_64 5.6.40-11.el7 @brainy-glibc_sb dovecot-mysql57.x86_64 1:2.2.27-11.el7 @myrepo-centos exim-mysql57.x86_64 4.94.2-1.brainy.el7 @myrepo-centos libmysqlclient16.x86_64 5.1.69-200.el7.c...

cat /var/log/messages | grep mysql
Вывод будет большой, нужно все данные. Можно в личку

с пакетов переустановил мускл на 5,7

Как именно вы переустанавливали, через консоль или панель?

Покажите выводы по командам
ls -al /etc/yum.repos.d/
yum list installed | grep mysql

Свяжитесь с нами через скайп.

Это задание включено? /usr/local/brainycp//src/compiled/php5/bin/php -q /usr/local/brainycp//scripts/cron_exec.php >/dev/null 2>/dev/null
То что крон работает, это хорошо.

Служебные крон задания включены?
Галочка автопродление стоит?
Какая версия панели?

http://ip:8002
https://ip:8000

Уточните подробнее, что значит не пускает в панель?
Попробуйте в терминале выполнить команду csf -a ваш ip

Панель устанавливается на чистую ос.

отсюда вопрос - как можно начисто удалить текущую установку... чтобы установить новую с нужными компонентами и версиями

После установки, вы можете установить или удалить любой пакет, через панель.

Панель оптимизирована для работы сайтов, на разных связках, но мы не можем учесть нюансы разных cms. На этот случай в панели есть индивидуальная настройка вирт хоста, и дополнительная настройка, Спасибо большое. И всё таки, откуда правильно начинать добавлять в доп. настройку вирт. хостов? Директив...