BrainyCP

Добавили проверки, ожидайте в ближайшем обновлении.

Добавим описание.
Данный параметр отвечает на изменение днс записей, в основном на запись А.
Галочку можете не отключать, если запись А не изменяли и используется по умолчанию.
Проблема была описана в данном посте:
viewtopic.php?f=7&t=4863&p=13799#p13799

Добавляете ipv6 в менеджер ip, потом привязываете его к хостаккаунту.
Локальные ipv6 не отображаются для хостаккаунта.

вы привязали ipv6 к хостаккаунту?

смотрите в .htaccess

По умолчанию в cloudflare включена переадресация.

Свяжитесь с нами через скайп

Для хостаккаунта, владелец и группа, должны быть вашего пользователя, а не root

Это ошибка панели?
Вы так и не ответили какой владелец, и какие установлены права.

Никак.
80 или 443 порт слушает один демон, апач или nginx.
В связке, nginx проксирует на апач