BrainyCP

/usr/local/brainycp/src/compiled/nginxb/sites-available/
В этой директории конфиги, директива listen
Перезагрузка панели командой systemctl restart nginxb

В панели у вас все правильно выводит, так как у вас указана точка монтирования home(это видно на первом скрине)

df -h | grep home

Возможно как-то с вами связаться? Т.к. очень странно и я не могу найти причину. Проходит досс по запросам, которые могут делать с 1 айпи. После чего сайты перестают работать, а brainycp работает. Когда перезагрузить vps всё начинает работать стабильно Поддержка панели не занимается индивидуальными ...

free -h
cat /var/log/messages | grep memory
для убунту
cat /var/log/syslog| grep memory
логи виртуальных хостов тут:
/etc/httpd/vhost_logs/
/etc/nginx/vhost_logs/

При установке mysql не обрывали процесс, сервер не перегружался?
Логи можно посмотреть тут /var/log/messages | grep mysql и тут cat /var/log/mysqld.log

Смотрите лог виртуальных хостов.

Выше вам все ответили

Я до сих пор не понимаю про какой лимит идет речь.
conn lone в меню сайты
Если fail2ban, вы пишите сами фильтр по ссылке :8002/index.php?do=fail2ban

Через панель никак.
Хотя вы можете написать свои фильтры для fail2ban которые будут анализировать лог на количество обращений за определенный период.
Панель позволяет добавлять свои фильтры.