BrainyCP

Попробовал переустановить CertBOT, но при попытке удаления не удаляется, висит лоадер Идет процесс... и все - http://prntscr.com/nnv7a2 . Если нажать Смотреть лог последней установки/удаления, то там %5B%7B%22comm%22%3A%22sh+%5C%2Fetc%5C%2Fbrainy%5C%2Fssh%5C%2Fpacket_manager%5C%2Fcertbot%5C%2Fcertb...

на данный момент проблем не обнаружено

посмотрите лог
/var/log/letsencrypt/letsencrypt.log

проверьте отработку команды

gem install fpm

должна пройти без ошибок. А лучше покажите ее вывод

сначала сделать
yum clean all
потом в панели обновить nginx до новой версии .

потом можете ставить дополнительные модули

новый nginx-1.16.0-5c

add package nginx-mod-http-brotli
add package nginx-mod-http-cache-purge
add package nginx-mod-http-headers-more-filter
add package nginx-mod-pagespeed
add package nginx-mod-rtmp
add package nginx-mod-http-redis

Есть одно отличие. Модуль modsecurity можно отключить и его код не будет участвовать в обработке nginx. С этими модулями такое можно сделать?

потомучто прав нет.
измените строку запуска скрипта, добавив юзера в sudo или от рута

sudo -u $USERNAME ...

выпущено новое обновление

по скрину выше репозитарии установлены правильно, ничего менять не надо

Это сторонние плагины, как показала практика ни все плагины полезны, а некоторые приводят к серьезным проблемам. Возможно что-то и будет добавлено после всестороннего тестирования