BrainyCP

не очень понятно зачем вы базу smtp удалили. Востанавливать smtp под 8 и 5.7 нельзя, переставьте базу на 5.6

покажите вывод
rpm -qa | grep brainy

Проблема с openvz у некоторых хостеров имеются. Например, даже если не ставить панель, а просто установить сервис polkit yum clean all yum install polkit systemctl start polkit systemctl status polkit то все работает. НО, если потом поставить стандартный центосовский пакет yum install policycoreutil...

выполните в ручную

logrotate -f /etc/logrotate.conf

ротация логов проихойдет?

добавим в панель управление его атрибутом в следующем обновлении

понятно.
uname -a

покажите
virt-what

покажите

cat /etc/logrotate.d/httpd
cat /etc/logrotate.d/nginx
cat /etc/logrotate.d/nginxb

Вообще-то панель не занимается управлением правами к этому файлу. Это задача systemd . Его сервис отвечает за запуск этого скрипта при старте системы, и так же он и следит за его остальными значениями.

Я какая у вас вирткализация?

попробуйте перебить пароль рута командой

passwd