BrainyCP

скорее всего вы используете CSF. Он тоже использует iptables и это похоже приводит к конфликту с вашими правилами, которые вы пытаетесь определить ему непосредственно. вы можете отключить csf с командной строки csf -x или включить csf -e проверьте так же состояние сервиса firewalld systemctl status ...

PHP 8.2: решена проблема с модулями FFI и sodium

Проверка с командной строки активации данных модулей

- обновление модулей PHP IonCube Loader для всех PHP до версии 13.0.2, кроме 5.3, обновлен до версии 12.0.5 - исправлена проблема с модулем v8js для PHP 7.0 - обновление PHP 8.2 до версии 8.2.15 - исправлена проблема для PHP 8.2 , с некорректной загрузкой части модулей для SAPI FPM Перед обновлением...

На наших серверах мы проблем не видим.
какая версия панели и какой шаблон тут :8002/index.php?do=properties выбран?

пакет git входит в стандартную поставку дистрибутива CentOS 7 у вас нет половины конфигов репо вот что должно быть [root@a202 yum.repos.d]# ls -l total 48 -rw-r--r-- 1 root root 1404 Jan 13 20:33 brainy.repo -rw-r--r-- 1 root root 1664 Nov 23 2020 CentOS-Base.repo -rw-r--r-- 1 root root 1309 Nov 23 ...

какая версия пхп?
cat /etc/os-release

yum install git

выполнить с командной строки в панели переставить mysql и dovecot