BrainyCP

Здравствуйте.
Если есть доступ рут то да вы можете логинится под рутом.

Пользователей тоже не обделили. (Если создали хост аккаунт) - можете логинится и под пользователем

Здравствуйте.
Только что проверили модуль. Ошибок нет.

Вы присваиваете переменные в get запросе синтаксисом апача. (и да через файл .htaccess правила будут работать)
в nginx чистом другой синтаксис. пробуйте присвоить переменные через параметр set

Спасибо.
Уже исправили. Исправление будет актуально в обновлении

Судя по логам у вас конфликтует ssl сертификат.

1 вариант убрать сертификат конфликтный.
И по возможности дать доступ мы выясним почему он конфликтует

Свяжитесь с нами по скайпу или через чат

Ошибка споймана.
исправим

Плохо что вы не можете дать нам доступ.
my.cnf Какие то дополнительные опции прописывали?
Ну хотя бы что логи говорят /var/log/

free -h
Хватает ли у вас ресурсов?

Не подключали ли вы сторонние репозитарии типа эпел или репозитарии мускулов?

У вас случайно сервис cloudflare не подключен?
Сегодня при тестировке выяснилось что у сервиса есть раздел кеширование.
И значения берутся из этого сервиса игнорируя правила в файле .htaccess

На чистом nginx проверю.
Только напишите ответ по поводу подключен у вас сервис или нет

Здраствуйте. Можно подробнее.
При не рабочей оптимизации какая была выбрана связка. версия php, мост
Какая cms установлена. (некоторые cms переписывают правила на свои).

Этот баг уже исправлен.