BrainyCP

это уже исправлено
yum clean all
yum -y install jailkit

да можно. Зайдите в файлик для редоктирование /etc/brainy/conf/vhosts/vhosts.tpl найдите все переменные limit_conn и его второй параметр, это будет цифра, увеличте до нужного значения. После этого, пересоберите все виртуальные хосты. Или, если вы уже поменяли в ручную, то можете не делать пересборку...

/etc/nginx/sites-available/
Здесь конфиги ваших сайтов с расширением .conf
вот в них и измените значение conn_limit для проблемного сайта

если требуется каждый сайт по отдельности то да

какая связка стоит?

Включите сайт в окружение phpJail

Это процесс панели.

в конфиге сайта посмотрите значение
conn_limit
попробуйте увеличить его в два раза, потом
systemctl restart nginx

не очень понятно , зачем вы брали стореннюю версию node.js, к томуже более старую, если в нашем репозитарии находится nodejs-6.16, npm-3.10.10

Посмотрите на заголовок письма в спаме. DKIM, DMARS, SPF все эти тесты должны показывать что они пройдены, то есть имееют PASS