BrainyCP

Это плохо. Это указывает, что ядро отработало критическую ошибку и есть проблемы с ситемой. Эти файлы можно удалять. Первым делом необходимо проверить пакетную структуру. Запустите из командной строки с правами рута скрипт Режим проверки /etc/brainy/ssh/check_pkg.sh Режим автоматического исправления...

смотрите лог exim

что-то мы не видим никаких проблем. Что в логах ексима?

исправлено. Будет доступно в новом обновлении. Clamd Antivirus не будет больше связан с почтовыми сервисами. Теперь этим будет заниматься ClamSMTP Agent, хотя он и будет требовать наличие в системе clamd, который может находяться в любом состоянии, как в ключенном , так и в выключенным

Вы эти значения в ручную прописывали непосредственно в самом файле?

phpinfo() что говорит? Строка Configuration File (php.ini) Path

Когда еще раз упадет, покажите последную страницу вывода команды

journalctl -p err

когда не работает, покажите вывод

systemctl status clamd -l

cat /proc/meminfo | grep Mem

переустановите clamav из панели

добавлено ioncube-5.0.1 для php-7.3

yum clean all
yum install php73w-ioncubeloader