BrainyCP

что-то не вижу проблем. Можете по скайпу связаться?

посмотрите еще вывод

/usr/bin/php73/bin/php -m

нет ли где-то на модулях каких либо предупреждений

rpm -qa | grep php73w

Какую версию и на какую вы переустанавливали?

Да нет. если все нормально то не надо. Информация пусть будет для других.

Для установки нового php 7.3.9

сделать с консоли под рутом
yum cean all

и переустановить php 7.3 с панели

То есть, если в ручную исправить тут /home/user/etc/php73w/php.ini , то изменения применяются? Я правильно понял?

сделайте
rm -rf /etc/brainy/tpl/basic/tpl_c/*

перегрузите браузер

попробуйте попытаться определить кому принадлежит данный файл

rpm -ql /usr/my.cnf

удалите эту строку

delete="inprogress,server_control_delete_156839841430232"

потом

yum clean all

потом в пенели переставить на новый php 7.3.9

исправлено.

дать с консоли
yum clean all

и переустановить в панели

в начале дайте с консоли
yum clean all

потом покажите вывод

cat /etc/brainy/data/server_control/main

Правильно. Пакет pyOpenSSL-16.0.0-3 должен быть именно этот. Сейчас создается сертификат?
Если нет, Попробуйте переустановить certbot.
Покажите лог файл полностью /var/log/letsencrypt/letsencrypt.log