BrainyCP

У вас сертбот не наш, а вообще левый.
Подключены сторонние репозитарии.
Удаляете сторонние репо, удаляете левые пакеты, потом через панель ставите сертбот.

ls -al /var/log/letsencrypt/
rpm -qa | grep cert
yum list installed | grep cert
ls -al /etc/yum.repos.d/
Покажите выводы по командам.

:8002/?do=properties
Проверьте параметр webpanel brainy, этот параметр открывает панель по домену.

Я не вижу что ваш сайт работает.
Сертификат выдается только на рабочий сайт, без блокировок. Лог по пути, /var/log/letsencrypt/

Пробую настроить работу сайтов, где все пути на сайте настроены через .htaccess. Но, выдаёт такую ошибку. [Sun Jul 06 14:59:50.260202 2025] [core:alert] [pid 235933:tid 235996] [client 95.25.18.106:0] /home/starvlz/sites/starvlz.ru/.htaccess: Invalid command 'php_value', perhaps misspelled or defin...

Какая ос?
Какое название сайта?
Покажите весь лог летсенскрипт.
Блокировки на ваш сайт есть? (это могут быть даже внутри вашей страны)

Сертификат сервиса не удаляли?
free -h
df -h

Мы проверим.

Еще нужно изменить конфиг nginxb, скорее всего он тоже старый location /roundcube { alias /usr/share/roundcube; index index.php index.html index.htm; location ~* ^.+\.(jpg|jpeg|gif|css|png|js|ico|html|xml|txt)$ { access_log off; expires 10m; add_header Cache-Control "public"; add_header X-Proxy-Cach...

Данная версия не поддерживается, версией панели. Уже исправлено и выйдет в обновлении.