BrainyCP

Для версии 3.2.1, скрипта не было.
Сам скрипт создавался, методами и алгоритмами, который использует нужная вам cms.
Вы должны понять, как сама cms, генерирует пароль для пользователя, и создать свой скрипт.

Попробуйте переназначить php по умолчанию.
И в терминале из под пользователя, выполнить вашу команду.

Покажите list.txt с несколькими cms.

Проверьте доступность, днс записи А

Сори, подскажите, где посмотреть эту инфу.
Очень надо разобраться в вопросе.

Команды в терминале

/var/log/letsencrypt/letsencrypt.log

nginxb не имеет никакого отношения к работе вашего сайта, на нем крутится сама панель.
Смотрите в логе, из за чего ошибка

Прочитайте этот пост, тут есть примеры.
https://community.brainycp.com/viewtopi ... 5&start=20

Какой url ?

Подняла лимит вложений, проверьте пожалуйста.

Письмо отправляйте в заголовках с отправителем. В настройках cms, 5 параметр -femail