BrainyCP

По яким питанням? Всі відповіді на питання, прописані в логах. Якщо таймаут, міняєте ліміти в конфигах. Те саме с почтою, в логах все прописано. Без ціх логів, ми нічого не можемо підказати. Ви не даєте нам повню відповідь на питання, та не даєте виводи по всім командам. В даний момент очистить кеш ...

Покажіть лог летсенскрипт.
Якщо у вас в меню сайти прописан аліас, www.bessarabskiy-rynok.com.ua. Доки не буде запису А на цей аліас, сертифікат не буде сгенеровано.
Нижче на скрині запису А нема

www.bessarabskiy-rynok.com.ua перейдіть по ссилці, ваш аліас досі не працює, так як нема запусу А.
Ще раз повторюю, сертифікат генерується тільки на робочий сайт, та аліаси яки прописані в меню сайти.

Сертификат видається тільки на робочий сайт, а також аліаси.
В даний момент ваш сайт, та аліаси не робить.
Ви не показуєте виводи по командам.
TTL у вас стоїть 24 години, тобто зона оновлюється через 24 години.

systemctl status named
free -h
df -h

cc. 172800 IN NS ac2.nstld.com. cc. 172800 IN NS ac4.nstld.com. cc. 172800 IN NS ac1.nstld.com. cc. 172800 IN NS ac3.nstld.com. За вашу зону відповідає ns які прописані вище, там і прописуйте записи. Те що ви прописали в панелі, не означає що воно буде робити, так як використовуються інші ns По трас...

Треба лог letcenscript.
Запис А можно перевірити командою dig www.bessarabskiy-rynok.com.ua, на цей аліас у вас нема запису.

Пока не покажите лог, в момент отправки, это равносильно гаданию на кофейной гуще.

Сделали, обновите кеш приложений.

У вас нет свободной оперативной памяти, не выделен swap
systemctl status nginxb
systemctl status brainyphp-fpm
cat /var/log/syslog | grep memory