BrainyCP

Связка apache + nginx + php-fpm (может и другие, не проверял), массив $_SERVER содержит неверные значения, в частности SCRIPT_FILENAME имеет в начале пути 2 слеша, т.е. //home/user/sites/..., а также REQUEST_SCHEME имеет значение http, а SERVER_PORT имеет значение 80, хотя подключаюсь к https и к 4...

Данная ошибка возникает когда нет базы данных smtp, или нет доступа к mysql, а особенно к данной базе

Свяжитесь с нами скайп или чат мы проверим что не так

Запоминалку меню сделали ожидайте в ближащем обновлении

Некоторые ньюансы по настройке описаны тут
viewtopic.php?f=7&t=730

Добавили mariadb-server-utils во всех версиях maria (ожидайте в обновлении)

Неверный Root пароль mysql. Пожалуйста, свяжитесь с администратором

В 98% такое получается если был подключен сторонний репозитарий и сам мускул установился со стороннего репозитария, или не правильно был сконфигурирован my.cnf

Свяжитесь с нами (скайп, чат) мы проверим что не так

да лишнее удалить.
Я по вашему конфигу попробую понять как и в какой момент это произошло.

Если не тяжело скажите какие действия вы делали

Что у вас в этом файле /etc/brainy/data/server_control/main ?
строка open_phps=

Это писец!Поменял MySql5.6 на 5.7 и пропали все БД,бэкап не делал.Что делать?

В когда вы переустановляли mysql сторонние репозитарии были подключены?
мускул работал в момент смены версий?

Свяжитесь с нами в скайп или чат мы проверим что могло повлиять

судя по значку $ вы из под пользователя панель ставите?

Панель ставится из под root